生物3D打印與人工智能算法研究腦膠質(zhì)瘤微環(huán)境新方法
近日,上海中醫(yī)藥大學(xué)交叉科學(xué)研究院湯忞青年研究員和復(fù)旦大學(xué)附屬華山醫(yī)院姚瑜教授團(tuán)隊(duì)合作開(kāi)發(fā)了基于生物3D打印和人工智能算法的腦膠質(zhì)瘤微環(huán)境研究及藥物篩選新方法。研究成果Integration of 3D bioprinting and multi-algorithm machine learning identified glioma susceptibilities and microenvironment characteristics發(fā)表于Cell Discovery。

腦膠質(zhì)瘤是一種復(fù)雜的中樞神經(jīng)系統(tǒng)癌癥,在不同患者之間具有顯著遺傳和表型異質(zhì)性。腦膠質(zhì)母細(xì)胞瘤(GBM)是致死率最高的膠質(zhì)瘤,其五年生存率僅為6.9%,且復(fù)發(fā)率極高。本研究呈現(xiàn)一項(xiàng)首次將生物3D打印和人工智能兩項(xiàng)前沿技術(shù)創(chuàng)新整合的實(shí)例,推進(jìn)了從實(shí)驗(yàn)和計(jì)算雙重角度預(yù)測(cè)和評(píng)估不同治療方法下的抗腫瘤療效,同時(shí)使得探索復(fù)雜、含有多種細(xì)胞的GBM微環(huán)境特性成為可能。
研究團(tuán)隊(duì)從22名成人和1名兒童高級(jí)別膠質(zhì)瘤患者處獲取了手術(shù)切除的腫瘤組織,成功打印培養(yǎng)所有患者的3D微組織(PDT),并將其作為該患者的研究模型。通過(guò)多組學(xué)驗(yàn)證,顯示患者樣本與其PDT在分子特征上高度一致,且優(yōu)于基質(zhì)膠培養(yǎng)的患者類器官(PDO)。在藥物測(cè)試中,PDT能夠準(zhǔn)確反映復(fù)發(fā)患者對(duì)于金標(biāo)準(zhǔn)藥物替莫唑胺的耐藥性,以及對(duì)洛莫司汀更高的敏感性,證實(shí)PDT能夠準(zhǔn)確提示臨床藥物的易感性。
研究團(tuán)隊(duì)同時(shí)開(kāi)發(fā)了集成多種經(jīng)典機(jī)器學(xué)習(xí)算法的人工智能融合模型GlioML,在480種化合物中實(shí)現(xiàn)優(yōu)于所有單一算法的預(yù)測(cè)準(zhǔn)確性。研究團(tuán)隊(duì)隨后基于生物3D打印和GlioML算法來(lái)預(yù)測(cè)和評(píng)估膠質(zhì)瘤患者個(gè)體藥物反應(yīng)的協(xié)同潛力,結(jié)果顯示GlioML的預(yù)測(cè)藥效能夠明顯區(qū)分WHO III級(jí)和IV級(jí)膠質(zhì)瘤,提示不同階段的膠質(zhì)瘤患者對(duì)藥物反應(yīng)不同,并通過(guò)聚類分析成功發(fā)現(xiàn)一類能顯著抑制GBM腫瘤細(xì)胞的“藥物分群”,為后續(xù)新藥開(kāi)發(fā)提供重要線索。此外,該研究還揭示了生物3D打印GBM腫瘤免疫模型中,不同來(lái)源巨噬細(xì)胞能夠塑造有顯著差異的腫瘤微環(huán)境,可被應(yīng)用于開(kāi)發(fā)靶向GBM微環(huán)境、增強(qiáng)臨床療效的新策略。

▲ 生物3D打印患者來(lái)源微組織(PDT)與患者具備高度的分子層面、藥物反應(yīng)一致性
上海中醫(yī)藥大學(xué)青年研究員湯忞為論文第一作者、共同通訊作者,復(fù)旦大學(xué)附屬華山醫(yī)院姚瑜教授為通訊作者。該研究得到國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃、國(guó)家自然科學(xué)基金、上海市科委、上海申康醫(yī)院發(fā)展中心項(xiàng)目等多項(xiàng)資金資助和支持。
l來(lái)源:上海中醫(yī)藥大學(xué)
(責(zé)任編輯:admin)
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